Tengo una teoría al respecto y que me gustaría compartir.
Le doy la razón a Sotsim, pero con un matiz importante. Efectivamente, Celestia y Luna tienen el acojonante poder de mover el Sol y la Luna, respectivamente, pero no creo que sea el origen de sus curiosos peinados. Si vemos el relato del primer capítulo, Celestia parecía tener el pelo rosa, y Luna azul: ambas simple y representativo de su escenario (el rosado amanecer y el oscurecimiento azulado del cielo previo a la noche, ambos momentos transitivos entre noche y día o viceversa). Esto difiere mucho de cómo se las ve más adelante, con sus melenacas y colas ondeando solas al viento. Al grano: la culpa la tienen los Elementos de la Armonía.
Se nos ha dicho por activa y por pasiva que son los
deus ex machina por diferencia de ese mundo, los artefactos mágicos conocidos más poderosos y de los que poco que sabe. Tienen el poder de alterar la realidad, limpiar el mal de un ser o sellar imponentes entidades. Usar algo así debería ser como es ahora, cada uno para un portador, ya que hemos visto muchas veces en ficción que usar una fuente de poder enorme acarrea consecuencias para el usuario, y todo el poder de los Elementos se manifiesta al utilizarse a la vez, ya que por separado no valen de nada. Gracias a "Return of harmony" pudimos saber que, al menos en esa situación, las dos hermanas usaron todo ese poder por sí solas. Mi teoría es que, fuera esa la primera vez o no, cuando cometieron tal acto dejó en ellas una huella mágica importante, alterándolas para siempre. En pocas palabras, las melenas rosa y azul de Celestia y Luna respectivamente pasaron a ondear, con probables destellos la primera y con estrellas la segunda. Es más: creo incluso que ese acto las hizo increíblemente longevas (dato con base oficial, recordad que Meghan dijo que las portadoras tienen una esperanza de vida mayor que un poni normal, imaginaos con más artefactos y menos usuarios).
Todo eso me lleva al alzamiento de Nightmare Moon. Al verse Celestia obligada a usar todos los Elementos ella sola contra su hermana, se sometió a un chorrazo de poder aún mayor. La magia la afectó aún más, añadiendo colores a su crin y cola (me sigue sonando raro lo de la aurora boreal, pero habrá que aceptarlo por ahora), aumentando aún más su fuerza vital y quizá incluso alterando el color de su propia aura de poder (magia dorada; acordaos que su color se corresponde con el color de ojos del usuario salvo excepciones). Me aventuraría a decir aumento de tamaño, pero en mil años tienes tiempo de sobra para crecer
Todo esto cobra sentido viendo a Cadence: tiene el pelo "normal" (respecto al resto, porque en realidad es el signo de ser digna heredera del Imperio de Cristal, pero eso es otra historia), su magia es como la de otro unicornio y ha crecido normalmente. En resumen: Luna y Celestia son como son por haberse vuelto tremendamente poderosas y distintas al resto debido al uso de los Elementos de la Armonía.