Claro que va más lento, si metes un 3.0 en un puerto 2.0 va a velocidad de 2.0 obviusly
Pero cuando lo metas en un puerto 3.0 irá a todo lo que tiene que ir.
Mi disco duro externo, un Toshiba de 1TB es 3.0, y en pc el nuevo tengo puerto 3.0 pero en el viejo no, son 2.0 y cuando lo conecto a este va lógicamente más lento que en el nuevo, pero la velocidad sigue siendo buena. Es superior a la de un pendrive 2.0 corriente por ejemplo.