He visto que no nadie ha posteado la lista completa de las sinopsis de los episodios de esta temporada publicada en EqD, así que me he tomado la molestia de, además, hacer pequeños resúmenes traducidos.
Episodios 1 y 2 - The Crystal Empire - En el norte de Equestria reaparece, después de mil años desaparecido, el antiguo imperio de cristal. Estará en manos de Twilight Sparkle y sus amigas el ayudar a los príncipes Cadance y Shining Armor a proteger el imperio del malvado rey sombra y su obsesión por el cristal.
Episodio 3 - Too Many Pinkie Pies - Viendose incapaz de pasar tiempo con todas sus amigas a la vez, Pinkie Pie acude a la antigua leyenda del Mirror Pond, que le permitirá crear clones de sí misma. La situación se descontrola rápidamente y, una vez más, está en manos de Twilight Sparkle el solucionarla.
Episodio 4 - One Bad Apple - Applebloom y las demás CMC están muy ilusionadas por la llegada de Babs Seed, una Blank Flank como ellas, pero en lugar de unirse a ellas, Babs se une a Silver Spoon y Diamond Tiara en su cruzada por humillar a las CMC.
Episodio 5 - Magic Duel - Mientras Twilight Sparkle está llevando a cabo los preparativos para recibir a los diplomáticos de Saddle Arabia, Trixie se persona en Ponyville más poderosa que nunca y dispuesta a desafiarla. Estará en manos de Twilight Sparkle, una vez más, evitar que Trixie se haga con el control sobre el pueblo y sobre sus amigas.
Episodio 6 - Sleepless in Ponyville - Las CMC, junto a Applejack, Rarity y Rainbow Dash, salen de acampada al bosque, pero tras una sesión de historias de terror, Scootaloo se encuentra incapaz de dormir por las pesadillas ni de pedir consuelo a Rainbow Dash por miedo a perder su respeto.
Episodio 7 - Wonderbolts Academy - Rainbow Dash es aceptada finalmente en la academia de los Wonderbolts, liderada por Spitfire, donde rápidamente se hace amiga de Lightning Dust, otra pegaso tan habilidosa como Rainbow Dash pero más temeraria aún. Mientras tanto, Pinkie Pie es Pinkie Pie.
Episodio 8 - Apple Family Reunion - Se acerca la reunión de la familia Apple y Applejack se ofrece a tomar de Granny Smith el relevo de las preparaciones, sin comprender realmente el significado detrás de la celebración y sus actividades.
Episodio 9 - Spike at your service - Justo cuando Spike está a punto de ser devorado por un grupo de Morlocks salvajes, Applejack aparece y le rescata. Spike, que últimamente ha estado leyendo demasiados libros de fantasía de la biblioteca, decide adherirse al código del caballero y pagar su deuda de vida con Applejack cueste lo que cueste.
Episodio 10 - Of Birds and Bees - Un fiero debate surje entre las CMC cuando descubren que a cada una le han contado una versión diferente sobre "de dónde vienen los potros". Decididas a descubrir la verdad, se lanzan a interrogar a todos los ponis de Ponyville sobre el tema.
Episodio 11 - Don Spixote - Continuando con la temática de "Spike at your service", Spike está cada vez más obsesionado con la idea de convertirse en un "caballero dragón". Spike consigue convencer a Snails de que sea su corcel y a Snips de que sea su escudero y se lanza a desfacer entuertos a lo largo y ancho de Equestria.
Episodio 12 - Twilight's Fate (Part 1) - Cuando la amenaza de la Vashta Nerada, una plaga de criaturas microscópicas que sólo pueden sobrevivir en la oscuridad y que devoran todo aquello que encuentran, se cierne sobre Ponyville, Twilight Sparkle acude a la princesa Celestia, que misteriosamente se niega a alzar el sol y exige a Twilight que resuelva la situación por sí misma.
Episodio 13 - Twilight's Fate (Part 2) - Tras vencer a la Vashta Nerada, casi a costa de su propia vida, Twilight se enfrenta a su maestra, exigiendole una explicación por su pasividad. Ésta le revela que siempre estuvo vigilando que no ocurriera nada irreversible y que la amenaza era la prueba final de Twilight antes de convertirse en un Alicornio y en Princesa de las Estrellas. Twilight Sparkle tendrá que decidir entre sus amigas y la inmortalidad como regente de gran parte del cielo nocturno.