Digo esto desde casi el desconocimiento, pues nunca he escrito un fanfic... serio, pero creo que para que un fanfic sea bueno, el primer paso es estar satisfecho con lo que se escribe, ser uno con la historia (no se si me explico xd) y eso es algo que solo se consigue cuando escribes lo que de verdad quieres contar y no lo que los demás quieren que cuentes, por eso mismo tanto los personajes que aparezcan como los temas que se aborden deben ser los que tú quieras.
También ten en cuenta que ese no es el único factor influyente en hacer un buen fanfic: el lenguaje empleado, puntuación y ortografía, la estructura del mismo... todo ello es importante para que la gente lea la historia y se enganche. Además, hacer una gran historia no es fácil y puede costar muchos intentos, no te desanimes y aprende de los errores anteriores qué cosas puedes mejorar en el futuro.
